北京城内很多人身患鼠疫，很多守城的将士根本站不起来，如此李自成大军一到，这些饱受鼠疫之苦的民众纷纷投降。
清军入川以来，由于杀戮甚多，各地尸体没有得到很好处理，如此这些尸体霉变产生很多病菌，导致瘟疫病源的产生。
杨麟回师），虽然让人收敛尸体，对很多尸体施行深埋厚葬，如此虽然稍稍改善环境，但水源可能已经遭到污染，再加上民众生活疾苦，有的乡民更是吃一些死东西，从而瘟疫还是爆发开来。
杨麟亲自带着总医官黄学懋、副总医官何希登等人商讨对策。
医官罗有性等人侃侃而谈道：“大人，《黄帝内经》都曾记载瘟疫，称其为五疫，非常容易传染，但只要正气存内，瘟疫这种邪气就不可侵入，如此可以避免毒气侵入啊。
元朝医家朱丹溪《丹溪心法?卷一?温疫五》：““瘟疫众一般病者是，又谓天行时疫。治有三法：“宜补，宜散，宜降。”由对瘟疫一般治疗外感病的方法，或用治疗伤寒的方法治疗，或用峻攻祛邪之剂。
但我朝吴又可先生在崇祯十四年认为天地之间存在一种戾气，从口鼻吸入，有自己本身就吸入的，有传染所致的，虽然途径不一，这种病症基本上一致。
感染较重的，当即发作。感染较浅的，若是戾气不能战胜正气，就不能发作啊。”
杨麟笑着问道：“各位先生，你们怎么看待这瘟疫呢？”
让杨麟感到惊讶的是堂中二十多个医官各抒己见，有的认为应该按照普通伤寒治理，只有少数几人同意吴又可的观点。
看到众人争执不下，一些人等人更是提出鬼怪神说，有的更说张献忠不是自认为“天生万物与人，人无一物与天”吗？
想想前世传染病知识，不外乎通过空气、接触、血液等方式传播，杨麟还是赞成吴又可的戾气之说，再加上前世不是抗击禽流感吗？
想到这里，杨麟站起来，看着众人道：“各位，张献忠这句话还是颇有道理，“天生万物与人，人无一物与天”，我大明建立以来，各地豪强贪得无厌，阡陌千里，民众辛苦劳作，以天下之物养人，如此还不能满足。
任何人贪婪又有止境，否则的话，这十多年兵连祸结，瘟疫鼠疫流行就是一个明证。
在座的很多都是孔孟弟子，很多也是医家，这鬼怪神说，虚无缥缈，根本不可信。如果真的有什么鬼怪邪说，那么还要医官干什么？
还要我们这些官员干什么？我们这些官员就是按照法律匡复人间正义，我们这些医官就是就悬壶济世啊。
如果真的鬼怪盛行，那你们这些医官全部改行做骗人的巫师道长算了啊。”
众人看到杨麟目光坚毅，一字一顿的显得颇为沉稳，纷纷笑起来。
杨麟呵呵一笑道：“各位，大家可能也知道大灾有大疫这种说法吧，不论是人间遭到大的水灾，大的旱灾，各地都会出现大的瘟疫，这大的瘟疫流行开来，更是雪上加霜，民众苦不堪言。
为什么会出现这种情况呢？大家想想，在大灾之中，死的人啊，动物啊根本没有得到很好处理，有的泡在水里，发霉长菌，有的露在地上，全身长蛆，不但看到恶心，而且还可能产生很多戾气，如此让这戾气流行开来，就成为大灾啊。
我们国人主张中庸之道，因此豪格罗洛浑等人虽然罪大恶极，我不是剁他九百多刀，我只是稍稍折磨一些下他然后将其斩首。
每次战后，我不但要求大家要盛敛我们义勇军将士，而且更要人挖深沟撒上厚厚一层石灰之后深埋敌人。”
罗有性一听，杨麟明显同意自己观点，感到颇为欣喜，拱手说道：“大人所言，震耳欲聋啊，这吴又可提出了戾气致瘟疫之说，而大人则找到这种戾气根源
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