疑人除东乡前外务大臣外，都经美军宪兵之手，送往横滨刑务所了。东乡茂德是因心脏病由美军军医诊断后，被允许在自己家中受监禁的。在这些人自首前，内大臣木户幸一侯爵的秘书向他们其中最重要的人物传达了天皇的“慰问”之情。
13日，第二批战犯嫌疑人的名单转给日本政府，其中有前首相广田弘毅等与右翼势力有关系的人，内阁书记官长绪方竹虎也名列其间。重光外相急忙赶赴盟军总司令部，声称逮捕重臣和内阁阁员并不稳当。结果，绪方的名字被去掉了，但是，盟军对东久迩内阁的不信任情绪已流露出来。
为此，内阁里出现了“战时内阁的阁僚必须去职”的呼声。当时，东久迩内阁里有近卫、米内和重光三人曾任战时内阁阁员。米内倒是想辞职，但是，近卫和重光却以为自己在战争末期曾遭主战派的迫害，因而不会遭致盟军仇视。尤其是重光，一手包揽了与盟军联络的工作，不把其他阁僚放在眼里。结果，在17日的内阁改组中，重光外相被吉田茂替代。
19日，盟军总司令部命令美军宪兵，将以荒木贞夫陆军大将为首的11名战犯嫌疑人逮捕后关进巢鸭监狱，其中有曾任天皇侍卫长和九一八事变时候的关东军司令官本庄繁大将。本庄得知消息后立即自杀身亡。
眼看着逮捕战犯嫌疑人的浪潮日益逼近皇宫，日本统治集团惊慌失措之余开始谋划天皇与麦克阿瑟会晤的问题。他们希望通过此举使天皇摆脱被指为战犯嫌疑人的可能，从而为天皇制的延续创造条件。
由于美国政府已在内部表明，要利用天皇在日本国民心中的威望来改造日本，因此，麦克阿瑟同意与天皇见面。
日本统治集团闻之大喜。27日，天皇一行乘坐四辆轿车，在没有摩托车开道的情况下，前往美国大使馆。麦克阿瑟为了显示自己的身份，只在二楼会议厅的门口迎接天皇。随后，他们两人通过奥村胜藏的翻译，进行了大约30分钟的秘密会谈。据麦克阿瑟在其《回忆录》里的记载，天皇表示对因为日本推行战争而发生的一切问题和事件负有全部责任。天皇的谦卑态度打动了具有贵族派头的麦克阿瑟，两人的会谈在和谐的气氛中进行。
天皇和麦克阿瑟会谈的具体内容，宫内省和盟军总司令部都予以高度保密。此时，在同盟国方面，苏联和中国都强烈要求废除天皇制，美国国内的一部分舆论也认为天皇应对战争负有责任。因此，盟军总司令部表现得很谨慎，只是向各报社传送了一张天皇和麦克阿瑟的合影。在照片上，身着开领衬衣、身材高大魁梧的麦克阿瑟与身着燕尾服、身材矮小的天皇裕仁形成了强烈的反差，深刻地反映了日本战败后的窘境。东久迩内阁特别召开内阁会议，决定将准备发表照片的“朝日”、“每日”、“读卖”三大报纸予以停止发行和停刊的处分。
盟军第二天获知此事后，立即以麦克阿瑟的名义发出指令，立即撤消对通信及新闻报道所加的一切限制。29日当天下午，登载着那张照片的报纸就与日本国民见了面，在很少有机会看清天皇模样的国民心中引起了强烈的震动。
东久迩内阁虽然在盟军总司令部的压迫下，被迫作了一些改革，但其反动的本性依然未改变。内务大臣山崎严声称，充满法西斯色彩的《治安警察法》的精神应予以保存，仍然要取缔有损国家组织的言论和行动，对释放政治犯也不予考虑。
盟军不能容忍山崎的倒行逆施。10月4日，盟军总司令部突然下令立即释放政治犯，废除思想警察(特别高等课)，罢免山崎内务大臣、警察首脑和处理思想案件的检察官。第二天，东久迩内阁被迫总辞职，由74岁的老资格政治家币原喜重郎出任新首相。
10月6日，即币原首相开始组阁的那天，麦克阿瑟收到了华盛顿的简明答复：“立即继续拘捕
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