日本尚未签署投降书时，美国国务院和麦克阿瑟通过往来电报和信使，就已经达成一致意见，确定了美国政府的对日政策。8月29日，一份名为《日本投降后初期美国对日政策》发给前往日本途中的麦克阿瑟。该文件声称美国对日本的终极目标是：…确保日本今后不再成为美国的威胁，不再成为世界和平与安全的威胁，最终建立一个和平与负责的政府，该政府将尊重他国的权利…盟国并无责任强加给日本以任何形式的、未得到人民自由表达的意志支持的政府…鉴于日本社会当前的形势，以及美国希望使用最低限度的军队和资源达到其目的，最高统帅将通过包括天皇在内的日本政府机关团体行使其权力…这一政策旨在利用日本现存的政府形式，而不是支持它。
正是根据这项政策，麦克阿瑟开始执行他改造日本的计划：解除武装，惩办战犯，进行土地改革，解散财阀，实行宗教、出版自由，解除党禁，改革教育制度，解放劳工和妇女。一方面将旧日本种种丑恶落后的特征消灭干净，一方面为新日本的民主化培植基础。
麦克阿瑟面临的首要任务就是使日本非军事化，解除日军的武装。战争结束时，日本有近700万军队需要遣散，其中在海外的有400余万。麦克阿瑟通过撤消原日本陆海军省后新设立的第一、第二复员省，用了一年多的时间才完成这项工作。销毁日本军事装备的任务是由驻日的美国第8集团军和中国第49集团军来完成的。他们用了几个月的时间去寻找能发现的所有武器，炸毁了弹yao库，烧掉了飞机，把步兵武器扔入大海或者运送到中国，关闭军工厂并将部分设备作为象征性赔偿交给中国和苏俄，摧毁海军基地和军用机场等军事设施，总值达数十亿美元。
与这项解散陆海军和解除武装同时进行的还有清洗军国主义分子的措施。1946年1月4日，盟军总司令部向日本政府提交了一份清洗计划，列举了要求“罢免和清洗”的七类人：第一类为战犯；第二类为职业军人和陆海军部特别警察和官吏；第三类为极端民族主义、暴力主义和秘密爱国团体的主要成员；第四类为参与大政翼赞会、翼赞政治会和大日本政治会活动的主要分子；第五类为同日本扩张有关的金融机构和开发机构成员；第六类为占领地行政长官；第七类为其他军国主义者和极端民族主义者。上述人员均被要求免去公职，剥夺其竞选议员的资格，以排除其对政治的影响。这次清洗涉及人数约22万人，其中18万为旧军人。同时，约1300个超国家主义的而且是军国主义的团体、组织被解散了，甚至旧军人的遗属领取抚恤金的权利也被剥夺了。
在这一系列铲除日本军国主义势力的措施中，最引人注目的就是逮捕与审判战争罪犯了。
9月8日，麦克阿瑟在美国第1骑兵师的8000名官兵的陪同下，进驻东京，随即展开了逮捕战犯嫌疑人的工作。
早在1944年11月，美国就指令同盟国战争罪行调查委员会远东太平洋小委员会在重庆制定日本战犯嫌疑人名单。该委员会于1945年9月7日列出了总计342名日本战犯嫌疑人名单。不过，该名单是按照与同盟国战争罪行调查委员会伦敦总部甲至丙级战犯标准不同的分类法列出的，其具体内容基本上是相当于乙丙级标准的日军在中国大陆的残暴行为，对确定甲级战犯事宜的帮助不是太大。
日本人此时也极为不安，他们很想早日知道具体名单。于是，东久迩内阁便放出3来，表示希望同盟国从速公布战犯嫌疑人名单。在华盛顿和日本人的催促下，麦克阿瑟责成盟军总司令部情报处长威洛比将军与艾克尔伯格将军率领的宪兵合作，组成了战争罪行调查局。9月10日，该局确定了即将逮捕的第一批38名战犯嫌疑人的名单。东条英机是甲级战犯的第一名。这个双手沾满中国人民和亚洲其他国
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