1896年，洛克菲勒退休。
洛克菲勒退休后致力于慈善事业，主要是教育和医药领域。
（资本家老了为什么都喜欢研究医学？为了获得更多的资本。）
他在1897年正式结束对标准石油的直接管理，但保持了大部分的股权。
他出资成立洛克菲勒研究所，资助北美医学研究，包括根除十二指肠寄生虫和黄热病，帮助了野口英世的研究，也对抗生素的发现贡献甚大。
1899年，洛克菲勒又将分公司联合成立新泽西美孚石油公司。
1901年，他成立了洛克菲勒医学研究所。该机构后在1965年提供大学教育后，改名为洛克菲勒大学。
1902年，他设立的通才教育董事会，宗旨是为了推进美国每一个角落，每一阶层的教育，尤其是南方黑人的教育。
本机构最重要的影响在于资助了1910年“弗莱克斯纳报告”计划（之前由卡内基资助），本计划的实现对美国医药起了革命性的变化。
洛克菲勒也对耶鲁大学，哈佛大学，布朗大学，rynar，ellesley，assar提供过资助。
1909年，他成立了洛克菲勒卫生委员会，该机构之后根除了钩虫病这个长年来危害南方甚大的疾病。
1910年，当约翰““洛克菲勒在发现自己名下的财富已经达到近10亿美元时，他开始考虑如何运用这笔财富。
由于他对购买法国庄园或苏格兰城堡没有兴趣，又不屑于购买艺术品、游艇或中世纪韵味的西服以及所有富人们所津津乐道的东西。
他就把自己收入中的很大部分投资于煤矿、铁路、保险公司、银行和各种类型的生产企业，其中最出名的是铁矿生意。
1913年，他成立了洛克菲勒基金会，继承并扩大卫生委员会的工作，并在1915年将之结束。
他对该机构给予约2亿5千万美元，主要是公共卫生，医疗训练，与艺术，并活跃至今。该机构也资助了约翰·霍普金斯大学布隆博格公共卫生学院，这是在该领域的先驱者。
1915年，洛克菲勒基金会成立中国医学委员会，由该委员会负责在1921年建立了北京协和医学院（北京清华大学医学部）。
这所大学为中国培养了一代又一代掌握现代知识的医学人才，在一次大战提供救援，并雇用了威廉·莱昂·麦肯齐·金发展工业关系。
洛克菲勒的第四大主要慈善机构劳拉斯佩尔曼洛克菲勒纪念基金会，在1918年成立，资助社会科学的研究，之后并入洛克菲勒基金会。
老洛克菲勒说过，“赚钱的能力是上帝赐给我们的一份礼物”。
出于对家族的责任感，年迈体衰的老洛克菲勒后来把这种人生观传递给了他唯一的儿子——小约翰““洛克菲勒，他就是大卫的父亲。
小洛克菲勒成了家族的掌门人后，不仅接管了家族的石油生意，同时还接管了家族的慈善事业。
有时候，小洛克菲勒发现：自己要想在石油生意和慈善事业这两种祖传家业之间找到心理平衡非常困难，因此他经常经受着神经失常的煎熬和折磨。
小洛克菲勒曾经描述说，他在做生意的时候感觉就像参加一场和自己良心进行比赛的赛跑。
大卫表示，父亲所受的宗教思想教育经常使他禁不住产生怀疑：自己在生意场上所做的事情究竟是否正确？
小洛克菲勒在纽约建立了洛克菲勒中心，并设法挽救了美国西部山区的许多古老的红杉。
小洛克菲勒对保护历史文物和保护环境有着浓厚的兴趣。经过他的努力，英国对北美大陆殖民时代所创建的威廉斯堡古城和法国的凡尔赛宫才得以完整地
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