穆罕默德的堂弟而娶其女儿法蒂玛为妻，似乎有违中国的辈分区别。但是从历史角度，这便是阿拉伯和犹太人的闪族文化风俗。
什叶派的产生，起源于穆罕默德逝世之后，以阿拉伯半岛北部部落传统势力为一方，和强调先知本人宗教遗产的南部势力为另一方之间的分歧。
当时阿里才三十岁出头，尽管他在传播和捍卫新兴宗教时贡献巨大，出于阿拉伯社会的尊老传统，第一任回教政教合一领袖哈里发，由代表传统部落势力的阿布巴克出任。
此后哈里发再传三传，都落在传统势力手中，刺激了伊斯兰教内部的分歧。第三任哈里发遇刺后，在反对派的推举下，阿里终于出任第四任哈里发。
但是阿里出任哈里发，反而加剧了教派内部的纷争，以至公开内战，并终于导致阿里在公元661年被政敌刺杀。此后阿里的儿子哈桑尽管“高票当选”哈里发，却被迫让位，让政敌登位而建立倭马亚王朝，“阿里党”由此开始遭到大批迫害，甚至连阿里本人也遭到“批判”，什叶派也因之成形。
在680年卡尔巴拉之战中，阿里次子侯赛因被杀，引起了一系列在什叶派思想影响下的暴动，规模最大者为685~687年在库法爆发的穆赫塔尔起义。起义参加者除阿拉伯人外，还有非阿拉伯的新穆斯林——麦瓦立人，什叶派随之传播到非阿拉伯民族中。起义失败后，其余部形成什叶派凯萨尼支派。该支派主张，阿里的权力是从穆罕默德继承下来的。不承认前三任哈里发的合法性，并创立了隐遁伊玛目和马赫迪（救世主）复临人间，恢复正义的学说。认为阿里的第三子伊本.哈乃菲叶是隐遁伊玛目。这些主张对后来什叶派宗教学说的发展提供了重要内容。此后，围绕着侯赛因之子栽因.阿比丁形成了什叶派伊玛目派，因其第六代伊玛目贾法尔.萨迪格奠定了该支派的教法学基础，故亦有人称其为贾法里学派。740年，侯赛因的孙子栽德.本.阿里在库法发动起义并战死，所部后来形成什叶派的支派栽德派。
750年，阿巴斯人借助什叶派的力量推翻了伍麦耶王朝。但阿巴斯王朝建立后，因慑于该派影响的扩大，而对其采取了各种压制、瓦解措施，引起内部进一步分化。765年贾法尔.萨迪格死后，多数人拥护其次子穆萨.卡孜姆为伊玛目，后形成十二伊玛目派，少数人则拥护其长子伊斯玛仪之子穆罕默德.本.伊斯玛仪为伊玛目，形成伊斯玛仪派，亦称七伊玛目派。嗣后，伊斯玛仪派聚集了激进的反阿巴斯王朝的力量，发展和宣传“内学”思想，广泛进行鼓动宣传，而十二伊玛目派和栽德派则对什叶派信众
阿巴斯王朝持温和态度。
9世纪末和10世纪初，什叶派的武装起义极为频繁，伊斯玛仪派、栽德派、十二伊玛目派及伊斯玛仪派的尼扎尔派、努赛尔派和德鲁兹派等。均在武装起义中得到发展；其中尤以伊斯玛仪派为最，其教义主张传播远至印度次大陆，成为什叶派中最有影响的力量。但11世纪下半叶，什叶派遭到了一系列挫折。除栽德派和十二伊玛目派尚保持一定力量外，伊斯玛仪派及其尼扎尔派均因失去已建立的政权而大大削弱。
1502年，波斯沙法维王朝兴起，什叶派开始复兴。面对奥斯曼帝国的威胁，沙法维王朝的开国君主伊斯玛仪宣布十二伊玛目派为国教，并以行政手段推行该派教义，建立宗教院校、清真寺，鼓励宗教研究。使该派在波斯发展历久不衰，成为什叶派中的主流派。
由于历史根源，什叶派特别尊崇以阿里及其子孙代表的先知的亲属后代。在什叶派的影响下，逊尼派也不得不为倭马亚王朝时期遭到批判的阿里“平反”，但是其在逊尼派信徒中的地位还是不能与什叶派相比。
顺便说一下，阿里和法蒂玛所生的子女后代，是先知穆罕默德的唯
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