源平战役和承久之乱那样没收战败者的领地来奖赏那些奋勇前驱的武士们。而那些冒着蒙古人如雨箭矢，轰天火炮，拍马向前，单凭手中的一柄短刀和一腔热血呼喝着慷慨赴死的武士们，取得了战功却不能获得期望中的封赏，他们的失望情绪可想而知。
另外，镰仓时期起，武士家族为了家族的壮大，往往采取嫡长子继承的惣领制度，一族的领地只有嫡长子才能继承，其他家族子弟或者放弃武士身份参加农业劳动，或者作为嫡长子的家臣卑躬屈膝，再或者就只有出家为僧了。那些心有不甘的子弟要想出头，唯一的晋身途径就是为幕府效力，获取幕府御恩来换取自己的领地。但是这场抵御外敌的战争使这条唯一的途径也堵死了，武士阶层对幕府上层深深地失望了。
由于这种不满，武士们相互之间出现了对立，各地武士出现了为领地而争斗的现象。武士们对负责战场直接指挥的各地守护也有了不信任感。为此幕府特别发布了要求守护与武士同心防御异国入侵的命令。
九州失陷后，镰仓幕府以异国防御为借口，大幅更迭了各国的守护。其中有六国守护是幕府执权北条一门，其他的新任守护也都是亲近北条氏的亲族。自北条时赖以后，北条氏逐渐加强了在幕府中的**支配的权力，在元军入侵的期间，这种北条氏专权的集权统治已经到了露骨的地步，北条氏与身为镰仓幕府支柱的御家人之间的摩擦不断显现，这一不可调和的矛盾日益将镰仓幕府拖向了没落的泥潭，也预示着这场战争的失败。
在元军占领九州之后，日军曾组织水军，对元军发动过两次进攻，都被张禧轻易击败。意识到双方战斗力的差距后，日军不再进攻，而是开始全力构筑防御工事，等待元军的进攻。
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