（时为候补道员）和侄子丁继祖，后来知道事情经过后，后悔莫及，但也无可奈何。
朝廷将案件交给了两江总督马新贻处理。马新贻接案后，倒也十分认真地秉公处理，但丁蕙蘅始终不肯来江宁投案，派人前去传唤，丁日昌则推托说儿子夜里越墙逃匿，不知去向。而实际上，许多人亲眼见到丁蕙蘅在巡抚衙门进进出出，毫无顾忌。这期间，丁日昌多次向马新贻请托，希望他高抬贵手。马新贻认为丁蕙蘅拒不投案是故意藐视自己，又因丁日昌是曾国藩亲信，十分警惕，置之不理。就是从这个时候，“督抚不和”的故事开始广为流传。
由于丁蕙蘅拒不到案，此案拖了将近一年也无法结案。马新贻十分恼怒，决定强行结案，将丁炳、薛荫榜、丁蕙蘅、丁继祖等人都处以革职，并判出款一万两白银以安置死者。丁蕙蘅仗着父亲是江苏巡抚，坚持不肯归案，马新贻也有办法处理，上奏请交朝廷议处。
以上全部是真事。四十天后，马新贻遇刺。最可疑的是，马新贻遇刺当天的阅射，按照惯例总督和巡抚都要参加，但江苏巡抚丁日昌却并未到场。他已经在刺马案发生前夕自苏州赶赴天津。
不过，丁日昌赶赴天津却是奉旨所为。当时，曾国藩处理天津教案不力，被全国上下痛骂，曾国藩感到难以支撑，便上奏请求另派大臣赴津协同办案。于是清廷选中了有“洋务能员”之称的江苏巡抚丁日昌。六月二十八日，清廷下谕令命江苏巡抚丁日昌赴津办理教案，因其路远，难以速至，又命工部尚书毛昶熙先赴天津。
奇怪的是，丁日昌接到谕令后，没有立即赶赴天津，而是一直拖到七月十四日。当时，从苏州到达天津需要十天左右，也就是说，丁日昌是在马新贻遇刺前十天就离开了苏州，并且刚好在刺马案发生的前一天——也就是七月二十五日到达了天津。一下船，丁日昌便直奔直隶督署，与曾国藩密谈良久。正是在当天，江宁大雨，马新贻阅射未能成行。
第二天，七月二十六日上午，身在江宁的马新贻被张文祥刺杀于回府衙的路上的时候，在天津，曾国藩正赶去回访丁日昌，秘密交谈了近一天。
第三天下午，马新贻因伤势过重而死时，曾国藩正在午睡，还在日记中记录当时的心情是“心不能静”。丁日昌随后赶到直隶督署，二人又是一番密谈，直到深夜。
刺马案后，丁日昌一直滞留在天津，直到朝廷让曾国藩回任两江总督的上谕到达。当时曾国藩处理天津教案不当，“残民媚外”，备受中外抨击，回任两江总督能够将他从泥潭中拉出来，绝对是一件好事。但曾国藩与心腹反复商议后，决定以身体多病为理由，固辞两江总督。不料朝廷的态度十分坚决，有病也必须去两江。
此时，太常寺少卿王家璧上奏，直接指出总督马新贻被刺与江苏巡抚丁日昌有关，说：“江苏巡抚丁日昌之子被案，应归马新贻查办，请托不行，致有此变。”还说，“闻此言者非臣一人，臣所闻者亦非一人所言，其言时皆相顾叹息，及向根询，则皆畏累不敢尽言。臣思陕西僻在西隅已有所闻，江南必有确实公论，属吏或难兼采，京师相距较近，亦必有所传闻。”连京官都这么说，可见“督抚不和”的传言流传很广，绝非一日之功。
丁日昌在马新贻遇刺前离开十分可疑。王家璧为此再次上奏说：“此其尤著者，丁日昌本系矫饰倾险小人，江南大小官员甚多，此事不疑他人，而独指该抚之子，难保尽出无因。或其子妄为而该抚不知，抑或与知而乘其驶赴天津，可以使人不疑，均难悬揣。”一针见血地指出丁日昌赶赴天津是有意要避开嫌疑。
尽管丁日昌有种种证据，可以证实他确实因公事才离开两江，并非刻意制造不在刺杀马新贻现场的证明，但朝野上下沸沸扬扬，将怀疑的目光投向丁日昌的大有人在。流言蜚
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