以后，以满洲族名为“龙兴之地”，定盛京为“陪都”，对满洲实行“特别之制”的治理办法。
清朝极盛时期，号称“大清帝国”“天朝上国”，疆域之盛，超过中国历史上任何朝代。
1689年《中俄尼布楚条约》签订之前，清朝在东北地区疆域西括内外蒙古，尽有中、东西伯利亚，东临太平洋，包括库页岛、千岛群岛，北滨北冰洋，东北方向直到堪察加半岛和白令海峡。
此时关东号称满洲本部，清初是东北历史上疆域最大时期。
1689年《尼布楚条约》后东北地区疆域逐渐退至外兴安岭、乌第河、贝加尔湖南岸一线以南地域。
清末民初衰弱，库页岛、千岛群岛丧失，外蒙古独立，东北版图最后缩至今日模样。
随着人口增加，土地开垦，中原先进生产技术的推广，东北农业生产的基本轮廓大致形成。在农业发展的同时，商业、手工业随之兴起，出现了沈阳、辽阳、锦州、长春、吉林、宁安、辽源、哈尔滨等经济中心。
清军入关后，于清朝初年，在东北设置了盛京将军、宁古塔（吉林）将军和黑龙江将军，三将军的辖区在管理方式、行政制度及土地占有形式方面有别于中原地区。
多尔衮就在1644年下令严令禁止汉人进入满洲“龙兴之地”垦殖。这就是“禁关令”。虽然清朝于1692年开始向关东地区派遣八旗及汉军移民，但清初满洲人倾族入关后关东人口更加稀少，清朝统治者视东北为“祖宗肇迹兴王之所”，借口保护“参山珠河之利”，长期对关东实行封禁政策。
与“禁关令”相关的词汇除了“禁关令”外，还有两个：“柳条边”和“闯关东”。为了严格执行“禁关令”，从顺治年间开始，清朝政府不惜代价于东北境内分段修筑了一千多公里名为“柳条边”的篱笆墙，也称柳条边墙、柳墙、柳城、条子边，至康熙中期完成。
从山海关经开原、新宾至凤城南的柳条边为“老边”；自开原东北至今吉林市北的为“新边”。边墙以东的满东北严禁越界垦殖，边墙以西则作为清朝的同盟者蒙古贵族的驻牧地。
清朝对东北的封禁造成了东北人口稀薄，最终为远东国对东北的蚕食创造了有利的条件。
晚清边疆危机日甚，清朝被迫开放边禁，采取“移民实边”的政策。1861年至1880年代陆续开放了吉林围场、阿勒楚喀围场、大凌河牧场等官地和旗地。
1882年（光绪八年）首先在吉林招垦，设立珲春招垦总局，此后又开放了黑龙江地区的土地开垦。并且在1907年，清廷裁撤盛京、宁古塔、黑龙江三将军，改置奉天、吉林、黑龙江三省，设巡抚，并设东三省总督。
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