东条英机做副手，两人关系紧张。石原莞尔对东条英机经常冷嘲热讽，鄙视东条英机是靠关系网而步步高升的，多次当面称呼东条英机是“亲爱的傻瓜”。心胸狭窄的东条英机当然采取各种手段压制、打击石原莞尔。石原莞尔在关东军任职不到一年便待不下去了，只得称病回国。
预备役时的石原莞尔1938年12月5日，石原莞尔出任日本舞鹤要塞司令官。1939年8月，调任驻守京都的陆军第十六师团师团长。在此期间，石原莞尔出面组织了所谓的“东亚联盟运动”。这个运动以日、“满”、华相互提携为幌子，建立所谓的“三方提携”的东亚联盟。这个联盟自然以承认“满洲国”为前提，日本是东亚的保护者和指导者自然居于“盟主”地位。他的险恶用心明显就是要使日本控制中国，使中国彻底沦为日本的殖民地，对他个人利益而言，组织“东亚联盟运动”则可以为自己捞取政治资本，东山再起。不过，东条英机的排挤粉碎了他的迷梦。
1940年7月，东条英机出任近卫内阁陆相后，促使内阁于1941年1月宣布“东亚联盟运动”为非法组织。3月1日，东条英机以此为借口解除了石原莞尔担任的第十六师团师团长职务。3月31日，石原莞尔被迫退出现役，转入预备役。
被排挤出军界的石原莞尔在立命馆大学担任国防研究所所长，专门讲授《国防论》，继续宣传他的侵略主张。东条英机除了因以前的过节，更重要的原因是，石原莞尔在国内大力反对迅速扩大战争，主张持久的战争计划，这与东条英机的图谋相左，所以东条英机不仅派宪兵跟踪监视石原莞尔，后来干脆命令立命馆大学辞退了石原莞尔。石原莞尔迫不得已，只得于1942年9月返回鹤冈家乡闲居。
1945年日本战败投降后，石原莞尔乘机将自己装扮成受东条英机迫害的“和平战士”，以逃避被当作发动侵略战争的罪犯而受审，并出任东久迩内阁的内阁特别顾问。因为这个身份，刘建业和他的部下也就无法像对待其他战犯嫌疑人一样，直接将其逮捕。石原莞尔借机接连发表了《我们的世界观笔记》、《新日本的出路》等文章，假惺惺地提出什么“放弃战争”，建设“不要战争的文明”的主张，企图投美国人之所好。石原莞尔还专门给驻日盟军总司令麦克阿瑟写了一封建议书，提出所谓“超阶级的政治”，胡说什么“过去的政治是为阶级利益的政治”，而“超阶级政治”只是“为了理想”。
盟军开始逮捕战犯以后，石原莞尔为了争取主动，在盟军最高司令部尚未对其发出逮捕令之时，就主动前往盟军司令部自首，然后被收押进巢鸭监狱。
为了指证土肥原，刘建业和中国检察组不得不在美国人的协助下，以与石原莞尔达成司法协议的方式，说服其出庭指证土肥原和东条英机等其他战犯，换取不将其送上法庭受审。
“石原将军，尽管我很想把你送上军事法庭，让你受到正义的审判，但是，为了指控土肥原和东条英机等人，我只能控制住我的愤怒，与你达成这个协议。我现在只要求你遵守这个协议，做你必须做到的，不然，我想你应该知道，仅仅是你在东北所作的那些事情，就已经足够把你送上绞刑架的。”见证了司法协议达成以后的刘建业，对石原莞尔说道。
“这个自然，我一定严格遵守协议。”达成司法协议，基本保证了自己性命的石原莞尔说道。
“我听说石原将军的身体最近不太好，还是要注意一下，最好免得遇到给我国的吴大帅和谭贵人治病的日本医生那样的大夫，否则，事情恐怕不太好。”刘建业说道。
“将军放心，我一定说到做到。”听到刘建业的话，石原莞尔的头上开始冒出了冷汗。这个号称日本陆军“大脑”的人，怎么可能不清楚那两个人是怎么死的呢？现在在日本，占领
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