黄子澄等人的提议下开始削番。朱棣竭力反对，当建文帝的矛头直指自己时。朱棣也立即采取行动，杀死了朝廷派到北京的驻守大臣，并援引中“有敢更改祖制者，以奸臣论处，”的条文，以“诛齐黄、清君侧”为名，起兵靖难。由于洪武时期的功臣已经被朱元璋杀戮待尽，因此朝廷只得派一些年轻将领挂帅。但由于朝廷的兵力强大，双方还是处在一个僵持的形势下。而此时建文帝的软弱就暴露了出来，由于他的一些决策错误，加之朱棣直导南京策略的成功，明建文四年（公元1402年）6月，朱棣占领了南京，建文帝不知所终。在群臣的“劝说”下，朱棣在南京即皇帝位，年号永乐，是为明成祖。
朱棣即位后，为清除建文余党采取了血腥的政策。他首先下令清宫三日，杀死了皇宫中大部分的宫人、女官和太监。接着，大肆虐杀不肯降服的建文帝旧臣。齐泰、黄子澄先后被他活活磔死（即分裂肢体）。兵部尚书铁铉被捕后押到京城，见了朱棣毅然背立，抗辩不屈。朱棣大怒，命人割下他的耳鼻，煮熟后塞入他口中，问他滋味如何？铁铉厉声说忠臣孝子的肉有什么不好吃。朱棣又命人当场将他一刀一刀地割死。文学博士方孝孺穿上一身孝服，哭入宫中，被朱棣命人投入大牢。几天后，朱棣命他为自己登极草拟诏书，方孝孺将笔扔在地上哭骂道：“要杀就杀，诏书我是绝不会写的。”朱棣说：“即使你不怕死，难道连你的九族也不顾了吗？”方孝孺大声说就是灭我十族，我也不怕。说完拾起笔写了几个大字，朱棣一看，竟是“燕贼篡位”，气得下令将方孝孺磔杀，同时又搜捕方孝孺的宗族亲友和门生共十族873人全部杀死。对于愿意降服的建文帝旧臣如杨士奇、杨荣、杨溥等人，朱棣却又能既往不咎，量才录用。
朱棣虽然对建文帝的削藩决定不满，但他执政后也认为藩王势力太盛，尾大不掉，对中央集权构成威胁，也决定削藩。朱棣凭持重兵在手，将众藩王或迁南方，或废为庶人，分别解除了各藩王的兵权。巩固了中央集权。朱棣又设置了奴儿干都指挥司，管辖黑龙江、乌苏里江、乌弟河、库页岛等地。使上述地区归属于明中央政府。
太监的势力在永乐朝也得到了充分的发展，明成祖朱棣首创了东厂等特务机构比西方的007机构还早了近五百年，但这也埋下了以后宦官专政的祸根。明成祖朱棣派谴太监郑和七下西洋，扫除了禁海闭关的痼疾。郑和下西洋的目的有二，其中之一就是寻找失踪的建文帝，因为当时有人传说建文帝从海上逃跑了，朱棣担心建文帝会卷土重来，就派自己的心腹太监郑和下西洋去寻找。另一个原因就是，当时中国被认为是世界中心，四海都应该来朝贺，因此他派郑和下西洋去接各国的国王来朝贺，以扬大明国威于海外。
同时朱棣开始营建北京城和建造紫禁城（今故宫），重修砖构万里长城。当时北方还不安定，随时都有战争的可能，南京距离较远，指挥不便，因此朱棣下旨建造紫禁城，准备迁都。1416年开始修建北京宫殿，1421年正式迁都北京。并重新修筑了砖构万里长城，我们今天所见到的长城大都是明代长城。朱棣在文治上也颇有建树，是解缙等人组织编修的，被誉为古代类书之冠。与满清的更具价值，因为他对古代的书集只是做了收集、整理、分类，并没有大的改动。而因为清朝“文字狱”很力害，有很多内容被删改了，使古籍的原貌遭到了严重破坏。因此无愧于古代类书之冠的称号，如此一本经典之集可惜在清末毁于英法联军。
明永乐十年以后，明成祖朱棣开始了御驾北征，而且随着年龄的增长，北争的频率越来越快。永乐大帝朱棣一生共发动了五次御驾北征，五次亲征漠北清除了蒙古势力的威胁。
公元1424年，永乐大帝朱棣第五次北征，虽然他已65岁，且久病风痹，但仍坚持亲征于
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